Ο τομέας Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού σας δίνει τη δυνατότητα να ασχοληθείτε με αρκετές δραστηριότητες και εκδηλώσεις, ανάλογα με τα ενδιαφέροντά σας και τα αθλήματα που προτιμάτε. Έχει σκοπό, επίσης, την εκπροσώπηση του Πανεπιστημίου, μέσω των αντιπροσωπευτικών ομάδων, στις Πανελλήνιες Πανεπιστημιακές διοργανώσεις, στην ετήσια Πολιτιστική εβδομάδα του Πανεπιστημίου Αιγαίου και σε Ευρωπαϊκές ή Παγκόσμιες Πανεπιστημιάδες.
Στη Σάμο λειτουργούν τμήματα Κλασσικού Αθλητισμού, Ποδηλασίας, Αντισφαίρισης, Βόλεϊ, και Μπάσκετ. Επιπλέον, υπάρχουν ομάδες Χορού, Σκάκι και τάε-κβο-ντο. Οι προπονήσεις στα ομαδικά αθλήματα διεξάγονται σε εβδομαδιαία βάση, 2-3 φορές, στο Κλειστό Γυμναστήριο και στο Δημοτικό Στάδιο Καρλοβάσου. Στα ατομικά αθλήματα χρησιμοποιούνται αίθουσες του Πανεπιστημίου και ιδιωτικές εγκαταστάσεις. Κατά καιρούς, φοιτητές του Τμήματος έχουν συμμετάσχει σε αγώνες Κολύμβησης, Ανώμαλου Δρόμου και Χιονοδρομίες. Επίσης, πολλοί φοιτητές συμμετέχουν στα τοπικά πρωταθλήματα του Νομού Σάμου.
Υπεύθυνος του τομέα Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού είναι ο Ευριπίδης Γεροντής (τηλ 22730 82051, 6974957246, e-mail: egerontis@aegean.gr).